Mengikuti langkah beberapa negara seperti India dan Amerika Syarikat, yang telah menubuhkan agensi maritim, APMM menjalankan pemantauan 24 jam setiap hari. Berbeza dengan agensi yang serupa dari negara lain, APMM bukan sahaja menguatkuasakan undang-undang tetapi juga berkuasa melakukan pendakwaan terhadap mereka yang melanggar undang-undang maritim. Bagi memudahkan kawalan dan pemantauan, kawasan maritim di Malaysia dibahagikan kepada lima wilayah dan setiap satu mengandungi tiga hingga lima daerah maritim.